最先端研究を支える研究機材

クライオ電子顕微鏡
(Titan Krios G4)


液体窒素温度に冷却した試料の観察を行う加速電圧300kVの透過型電子顕微鏡です。電子直接検出カメラ (K3 BioquantumおよびFalcon4)、CetaDカメラ、Volta phase plate、自動撮影用ソフトウェアEPU、Tomography5、SerialEMを備えています。タンパク質-核酸複合体をはじめとした生体高分子を急速凍結して観察し、単粒子解析法やトモグラフィー法などによる生体高分子の立体構造解析に使用します。

凍結試料作製装置
(Vitrobot Mark IV)


クライオ電子顕微鏡で観察する凍結試料を作製する装置です。生体高分子溶液を電子顕微鏡試料を載せるグリッドに滴下し、濾紙で余剰な溶液を吸い取ってから冷媒に素早く浸漬して急速凍結します。このようにして生体高分子を非晶質氷薄膜に包埋することにより、溶液中の分子形態に近い状態で観察することができます。

プラズマクリーナー
(Solarus II)


高周波磁場で発生したプラズマイオンを照射することで、電子顕微鏡試料の汚れを除去する装置です。また、電子顕微鏡試料を載せるグリッドに張られた支持膜の親水化処理にも使用されます。

グロウディスチャージャー
(PIB-10 Bombarder)


グロー放電で発生したプラズマイオンを照射することで、電子顕微鏡試料を載せるグリッドに張られた支持膜の親水化処理をする装置です。

ラックマウント型解析用コンピューター
 


高性能GPUであるRTX2080TiまたはRTX3090を4基ずつ搭載した構造解析用コンピュータ13台で構成され、単粒子解析やトモグラフィー解析などの画像処理に使用します。 約2ペタバイトの大容量データストレージも備えています。

解析用コンピューター
 


高性能GPUであるGTX1080TiまたはRTX2080Tiを4基ずつ搭載した構造解析用コンピュータで、単粒子解析やトモグラフィー解析などの画像処理に使用します。

分取用電気泳動セル
(Prep Cell)


ポリアクリルアミドやアガロースを用いた連続溶出ゲル泳動によりタンパク質や核酸を精製する装置です。主にDNAやヌクレオソームを高純度に精製する際に使用します。

液体クロマトグラフィーシステム
(AKTA)


イオン交換、ゲルろ過といったカラム精製を自動で行う装置です。タンパク質やDNAを精製する際に使用します。

密度勾配作製機
(グラジエントマスター)


スクロースやグリセロール等の密度勾配溶液を作製する機械です。作製した密度勾配溶液は、構造解析のための試料調製の際に使います。

結晶化ロボット
(NT8-Drop Setter)


極微量のサンプルを自動で分注・混合することができる装置です。 タンパク質試料や核酸-タンパク質複合体試料の結晶化条件スクリーニングに使用します。

自動結晶観察装置
(Rock Imager 182)


96 well プレートをステーションに保管し、自動で定期的に結晶の画像を撮影します。結晶化条件のスクリーニングに使用します。

結晶観察用顕微鏡
 


実体顕微鏡です。結晶の観察及び顕微鏡下での結晶の処理などに使用します。

画像解析装置
(Amersham Imager)


ポリアクリルアミドやアガロースなどのゲル電気泳動にて、タンパク質、DNA、RNA、タンパク質-DNA複合体、タンパク質-RNA複合体などを検出します。

スキャニング型画像解析装置
(Typhoon)


様々な波長の励起光を使用することで、一枚の電気泳動ゲルから多くの情報を得ることができるスキャナータイプのゲル撮影装置です。

画像解析装置
(Printgraph Classic)


LED光源を使用することで、電気泳動ゲル中のDNAやタンパク質を検出することができる操作が簡便なゲル撮影装置です。

高解像度蛍光顕微鏡
(Delta Vision)【定量研共通機器】


細胞内微細構造を高解像度かつ三次元で撮影できるイメージングシステムです。 タンパク質の局在情報やオルガネラの構造などを解析します。

LC-MS/MS システム【定量研共通機器】 (UltiMate 3000 - Orbitrap Fusion)


液体クロマトグラフィーとタンデム質量分析を接続したシステムです。タンパク質を酵素消化して得られたポリペプチドのプリカーサーイオンならびにプロダクトイオンの m/z(斜体) を分析することで、タンパク質の配列や修飾に関する情報を取得します。当研究室ではタンパク質の同定や翻訳後修飾解析、網羅的定量比較、タンパク質内およびタンパク質間の相互作用領域解析などに使用しています。

分析超遠心分離機
(ProteomeLab XL-1)


超高速遠心分離を行いながら密度勾配溶液中のサンプルの沈降速度を測定し、分子量、サイズ、形状などの構造情報を得ることができる装置です。 ポリヌクレオソームやタンパク質複合体の構造情報などを得るために使用します。

超遠心分離機
(Optima XPN-80)


超高速で遠心することによって細胞抽出液や、タンパク質、DNA複合体を分離します。 タンパク質精製、クライオ電子顕微鏡用のサンプル精製などに使用します。

共用パソコン
(Mac Pro)


高い処理能力を備えたパソコンです。図の作成やプレゼン資料の作成だけでなく、構造解析の際にも使用します。

凍結乾燥機
(FDU-2110)


凍結サンプル中の水分を高真空下で昇華乾燥させる装置です。精製したヒストンタンパク質をパウダー化する際に使用します。

スラブ電気泳動装置
 


ポリアクリルアミドゲルを作成し、タンパク質や核酸を分子量や電荷の違いによって分離します。

ウェスタンブロッティング転写装置
(iBlot2)


電気泳動後のポリアクリルアミドゲルから、タンパク質をメンブレンに転写する装置です。均一に高電圧をかけることにより約7分で転写が完了し、効率的にウェスタンブロッティングを行うことができます。

プレートリーダー
(iMark)


96 wellプレート上で様々な波長の吸光度を測定できる装置です。主にプロテインアッセイによるタンパク質の定量の際に使用します。

全自動精製装置
(QIAcube Connect)


ロボットアームと遠心機を備えた全自動精製装置。大腸菌からのプラスミド精製、細胞からのゲノムDNA抽出をはじめ、Hisタグを用いたタンパク質精製など幅広いアプリケーションをスイッチ一つで全自動で行うことが可能です。

フローサイトメトリーシステム
(FACS AriaIII)【定量研共通機器】


高性能な光学システムと流路系システムにより細胞集団を一細胞レベルで測定し、ソーティングを行います。蛍光タンパク質を発現する細胞集団のみをソートすることが出来る他、特定の細胞周期の集団のみを選択的にソートすることも可能です。

圧力式細胞破砕装置
(EmulsiFlex C5)


圧縮空気により破砕作用を発生させる装置です。主に酵母や昆虫細胞を破砕するために使用し、一部の不安定なタンパク質複合体精製時には特に効果を発揮します。

超音波破砕装置
(TAITEC VP30s)


超音波の力を利用して破砕作用を発生させる装置です。小口径プローブが備わっており細胞の破砕やクロマチンの剪断など幅広く使用出来ます。

リアルタイムPCR
(StepOnePlus)


蛍光色素を用いることで、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によるDNAやRNAの増幅を経時的に測定することができるPCR装置です。胡桃坂研究室では主に、蛍光色素を用いて温度上昇に伴うヌクレオソームの崩壊を定量解析する際に使用しています。

サーマルサイクラー
(TaKaRa)


プログラムに従って指定の温度に上昇・下降させることができる装置です。主にポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によってDNA断片を増幅するために使用します。

超純水装置
(Milli-Q® IQ 7000)


水道水に対し脱イオン化処理、滅菌処理、フィルター処理を施すことで、純水(電気抵抗率 0.1‐15 MΩ・cm)、超純水(電気抵抗率 15MΩ・cm 以上)を精製する装置です。実験には超純水を使用します。

クロマトチャンバー
 


低温条件下で実験することができる大型冷蔵庫です。

安全キャビネット
 


菌体の外部流出を抑えつつ、清浄な空間で実験することができる作業台です。

結晶化用インキュベータ
 


庫内温度を一定に保つことができる装置です。ヌクレオソームなどの結晶化に使用します。

培養用インキュベータ
【定量研共通機器】


庫内温度および二酸化炭素濃度を一定に保つことができる装置です。ヒトやマウスなどの哺乳類細胞の培養に使用します。

振盪培養装置
   


温度条件および震盪速度を設定できる培養装置です。大腸菌や酵母、昆虫細胞などの培養に使用します。

オートクレーブ機
   


120°Cの高温高圧条件下でフラスコなどの滅菌処理ができる装置です。