研究目標・方針
- 研究戦略・戦術
１． 研究対象をComponent（因子レベル）、Reaction（反応レベル）、System（反応系レベル）で捉えた際に、少なくとも一つの階層において世界をリードする研究を行うことを目指す。そのため、アイデア・戦略・戦術について十分な議論を重ねた上で研究を遂行する
２． 研究の遂行にあたり、一面的に物事を捉えるのではなく、生化学、遺伝学、分子生物学、構造生物学、細胞生物学、情報生物学など様々な分野から考え方及び技術を取り入れ、自分自身のアイデアを実証する最善の方法を考える。
- 研究設定・遂行
自ら研究テーマを設定し、論文発表する力を若いうちから涵養するよう、研究の設定、遂行の段階では以下の点に重点を置いて指導している。
１． アイディアの提案→議論→テーマの設定
（アイディア、戦略、戦術等について担当研究室員が創出することを原則とする。研究を開始するにあたり、創出した考えに基づき論文の原案を担当者自ら作成する。）
２． １人２テーマ以上
（１グループ分に相当する複数のテーマを行うことで、共通性・多様性の理解を目指す。）
３． 本人が全過程を担当して行うことを基本とする。
（例えば、論文作成の場合、平均５〜１０回ほどのやり直しが行われる。）
４． 独自性の高いプロトコール（実験記録）を仕上げる。
（独自性が高く、世界的にみても優れたプロトコールを書き続けることで、研究者としての姿勢を養うとともに、論文作成の練習を積む。）
- 科学者・研究者として最高水準に達するために研究室員に確立してもらいたい姿勢
自然に対する科学者としての姿勢の確立を重んじる。日米の研究者を長年眺め続けてきた経験から、その姿勢の確立（＝研究者としての自立）には、10年余りの時間を要するという結論に至った。この10年に及ぶ研究者養成期の前半にあたり、研究者として歩むうえでの基礎を築く最も重要な時期である大学院の修士及び博士課程の教育・指導を担うことで、世界の第一線で活躍する人材を養成する。
１． より新しく（Novel）、より深く（Deep）、より広く（Broad）を求める姿勢
２． できるだけ一人で全てのことができるようにしていく姿勢
３． ２．の姿勢を持つ者に対して成果は協働で生まれていくことを伝える姿勢
４． 最後までやりぬく姿勢
- 各研究室員がそれぞれの過程で習得を目指す事
4年生： 「生かされて生きる」
修士課程： 「部分と全体」
博士課程： 「共通性と多様性」
研究員： 「創造から独創へ」
１． 遺伝子発現における制御機構論の構築
２． 遺伝子発現制御が関与する生命現象の制御機構論の構築
３． 生物進化を説明する制御機構論の構築