学部及び大学院学生時代は、水野傳一先生及び名取俊二先生の下で、転写伸長因子S-II（関水和久先生が単離）の機能・構造解析を中心に研究を進め、以下の代表的な論文を発表することができました。
転写伸長因子S-IIの構造活性相関の解析（詳細は「発表論文」参照）
Sekimizu et al., J.Biochem., 93, 1523-1530 (1983)
Horikoshi et al., J.Biochem., 94, 1761-1767 (1983)
Horikoshi et al., J.Biol.Chem., 259, 608-611 (1984)
Horikoshi et al., J.Biol.Chem., 260, 5739-5744 (1985)
博士号取得後、ロックフェラー大学のRobert. G. Roeder博士（遺伝子発現制御研究分野の第一人者。RNAポリメラーゼI・II・IIIの単離・解析、in vitro再構成系の確立などを行った）の門戸を叩きました。ロックフェラー大学では、正の転写制御機構論の確立及びそのために必要不可欠であるTFIIDをはじめとする転写基本因子の単離、cDNAの単離、そして純化因子の調製・変異因子の調製に多くの時間を費やすことになりましたが、共同研究者にも恵まれ、以下の代表的な論文を発表することができました。
転写活性化機構論の構築（詳細は「発表論文」参照）
Horikoshi et al., Cell, 54, 665-669 (1988)
Horikoshi et al., Cell, 54, 1033-1042 (1988)
Hai et al., Cell, 54, 1043-1051 (1988)
Ohkuma et al., Cell, 61, 475-484 (1990)
Nakatani et al., Nature, 348, 86-88 (1990)
Kato et al., Science, 251, 1476-1479 (1991)
TATAボックス結合因子の単離および機能・構造解析（詳細は「発表論文」参照）
Horikoshi et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A., 86, 4843-4847 (1989)
Horikoshi et al., Nature, 341, 299-303 (1989)
Horikoshi et al., Cell, 61, 1171-1178 (1990)
Lee et al., Cell, 67, 1241-1250 (1991)
Yamamoto et al. Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A., 89, 2844-2848 (1992)
Nikolov et al., Nature, 360, 40-46 (1992)
Takada et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A., 89, 11809-11813 (1992)
Hisatake et al., Nature, 362, 179-181 (1993)
Kokubo et al., Nature, 367, 484-487 (1994)
Kim et al., Nature, 369, 252-255 (1994)
転写基本因子群の単離および機能・構造解析（詳細は「発表論文」参照）
Malik et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A., 88, 9553-9557 (1991)
Ohkuma et al., Nature, 354, 398-401 (1991)
Sumimoto et al., Nature, 354, 401-404 (1991)
Hisatake et al., Nature, 363, 744-747 (1993)
Yamashita et al. Science, 261, 463-466 (1993)
1992年に帰国し、研究分野主任として新たな道を歩み始めるにあたり、当時黎明期であったクロマチン分野に本格的に参入しました。その結果、多種類に及ぶ新規クロマチン因子の単離と機能解析をはじめ、様々な遺伝子発現制御機構論の創出を行うことができました（詳細については、「研究内容」の項を参照）。
Yamamoto & Horikoshi, J.Biol.Chem., 272, 30595-30598 (1997)
Munakata et al., Genes Cells, 5, 221-233 (2000)
Ikura et al., Cell, 102, 463-473 (2000)
Chimura et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A., 99, 9334-9339 (2002)
Padmanabhan et al., J.Biol.Chem., 279, 9615-9624 (2004)
Kuzuhara & Horikoshi, Nature Struct.Mol.Biol., 11, 275-283 (2004)
Jin et al., Nature Struct.Mol.Biol., 13, 331-338 (2006)
Matsubara et al., Genes Cells, 12, 13-33 (2007)
Muto et al., Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A., 104, 4285-4290 (2007)
遺伝子発現制御機構論の創出（詳細は「発表論文」参照）
Kimura & Horikoshi, FEBS Lett., 431, 131-133 (1998)
Kimura et al., Nature Genet., 32, 370-377 (2002)
Kimura & Horikoshi, Genes Cells, 9, 499-508 (2004)
Natsume et al., Nature, 446, 338-341 (2007)