85IQB / INSTITUTE FOR QUANTITATIVE BIOSCIENCESResearch Center for Cellular DynamicsLearn more ▶ P27ゲノムは「世代を超えて受け継がれる生命の設計図」です。データ量にしてDVD1枚分にも満たないゲノム配列の中に、生命のあらゆる情報が詰め込まれています。次世代シーケンサ（NGS）を利用した解析技術の発展により、転写、複製、立体構造制御などゲノム上のさまざまな動態を全ゲノム的に観測することが可能となりました。国際的プロジェクトによる大規模なNGSデータベースも次々に誕生しており、まさにNGS解析全盛期と言えるでしょう。これらの大量のデータを活かし、生命の本質的な理解につながる重要かつ全く新しい知見を獲得する「データ駆動形ゲノム解析」の期待が高まっています。それでは、大量のNGSデータから生物学的に重要な情報を得るにはどうすればよいのでしょうか？NGSデータは１サンプルでも既に全ゲノムレベルの情報量を持っており、それが数百、数千サンプルとなるとそれこそ途方もないデータ量になります。また、得られるデータの構造やデータの特性は実験法ごとにばらばらで、技術的に難しい実験のデータは品質に大きなばらつきが生じます。 そのような玉石混交のビッグデータを元にした多種多様なゲノムイベントの解析を行うことは現在でも非常に難しく、大きな需要があるにも関わらず、高いスキルを持った一部の研究者しかそのような解析ができないという現状があります。料理に例えるなら、様々な食材（データ）は充実してきたけれど、料理するための器具（ツール）や、料理できるシェフ（解析者）が足りてない、という状況です。この問題を克服すべく、我々の研究室ではデータ駆動形ゲノム解析のための手法開発に取り組んでいます。解析パイプラインによる半自動化によって高い解析コストを低減し、エポックメイキングな全く新しい知見を得るための大規模ゲノム解析を展開するとともに、次世代を担うゲノム情報解析研究者の育成にも力を入れています。● ” Integrated analysis of gene expression and chromatin folding regulated by cohesin, cohesin loader and CTCF”, The 13th International Workshop on Advanced Genomics, 2019 June● Nakato R, Wada Y, Nakaki R, Nagae G, Katou Y, Tsutsumi S, Nakajima N, Fukuhara H, Iguchi A, Kohro T, Kanki Y, Saito Y, Kobayashi M, Izumi-Taguchi A, Osato N, Tatsuno K, Kamio A, Hayashi-Takanaka Y, Wada H, Ohta S, Aikawa M, Nakajima H, Nakamura M, McGee RC, Heppner KW, Kawakatsu T, Genno M, Yanase H, Kume H, Senbonmatsu T, Homma Y, Nishimura S, Mitsuyama T, Aburatani H, Kimura H, Shirahige K. Comprehensive epigenome characterization reveals diverse transcriptional regulation across human vascular endothelial cells. Epigenetics Chromatin. 2019 Dec 19;12(1):77. DOI:10.1186/s13072-019-0319-0● Nakato R, Shirahige K. Sensitive and robust assessment of ChIP-seq read distribution using a strand-shift profile. Bioinformatics. 2018 Jul 15;34(14):2356-2363. DOI:10.1093/bioinformatics/bty137講師 中戸 隆一郎 / 博士（情報学）NAKATO Ryuichiro (Ph. D.), Lecturer技術専門職員 横田 直子YOKOTA Naoko, Technical Specialist技術専門職員 西條 栄子 / 博士（理学）SAIJOU Eiko (Ph. D.), Technical Specialist特任研究員 仲嶋 なつ / 博士（情報学）NAKAJIMA Natsu (Ph. D.), Project Researcher特任研究員 NAGAI Luis Augusto Eijy / 博士（医科学）NAGAI Luis Augusto Eijy (Ph.D.), Project ResearcherMEMBERACHIEVEMENT大規模生命情報解析研究分野Laboratory of Computational Genomics講師 中戸 隆一郎 / 博士（情報学）NAKATO Ryuichiro (Ph. D.), Lecturer専門：ゲノム情報学Research : Computational genomics医学系研究科Graduate School of Medicine大学院担当:Admission : 新領域創成科学研究科Graduate School of Frontier Sciences
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