厳密な計算ではなくとも化合物のコンフォメーションを可視化したい場合や、ドッキング計算のインプットに使うファイルの作成(.cdxから.pdbへ)等に使えるソフトAvogadroを紹介します。MacだけでなくWindowsでも使えます。

Avogadroの入手方法

下のリンクから入手できます。

http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page (外部リンク)

ごく簡単な使い方

使い方は使ってみれば分かるようなものですが、ここではchemdrawで描いた化合物をAvogadroに読み込んで動力学計算し、PDBファイルとして出力するまでをごく簡単に説明します。

1. (1)chemdrawで化合物を描き、保存します(1ファイル1化合物)。
   

2. (2)Avogadroを起動し、ファイル > インポート > 分子ファイル とし、chemdrawファイルを選択します。
   

3. (3)メニューバーの エクステンション > Optimize Geometry でMM計算が始まります(数秒)。Force FieldはデフォルトではMMFF94ですが、エクステンション > Molecular Mechanics > Setup Force Field から、他にGhemical, MMFF94s, UFFが選択できます。
   

4. (4)ファイル > 名前をつけて保存 からPDB形式で保存できます。